Однією з найважливіших і водночас дуже чутливих тем  для Туреччини є  питання можливого вступу до ЄС.  На зустрічі з турецьким прем'єр-міністром Таїпом Реджепом Ердоганом Меркель довелося пояснювати свою пропозицію «привілейованого партнерства» для Анкари замість повноцінного членства в ЄС, яку  в Туреччині сприйняли як образу. «Тепер я зрозуміла, що у Туреччині  привілейоване партнерство не має позитивного забарвлення. Ми, власне, розуміли це як особливі відносини з  ЄС, краще виражені, ніж з багатьма іншими країнами», - сказала Меркель.

Канцлер також зауважила, що Анкарі потрібно вирішити давню суперечку щодо Кіпру, що є передумовою для приєднання Туреччини до ЄС.  Як відомо, південна частина острова знаходиться під контролем грецької Республіки Кіпр,  яка є членом ЄС, а на півночі існує самопроголошена турецька Республіка Північного Кіпру, незалежність якої визнає Анкара.

Також під час візиту Меркель довелося знову пояснювати свою позицію  щодо турецьких  гімназій у Німеччині. За її словами, відкриття шкіл, у яких вчаться лише мігранти, суперечить усім інтеграційним зусиллям німецького уряду. «Мова країни, в якій живеш, є передумовою для гарної інтеграції. Не йдеться про асиміляцію. Це не є нашою метою», - вкотре запевнила німецький канцлер.  Ще одним каменем спотикання стала атомна суперечка з Іраном. Турецький прем'єр висловив сумніви в тому, що санкції є прийнятним варіантом і наголосив на необхідності вирішення суперечки дипломатичним шляхом.